在1984年版《哥斯拉》结束的5年后，1989年上映了续作《哥斯拉VS碧奥兰蒂》（ゴジラVSビオランテ），剧情继承了84年版哥斯拉展开。从这作开始直到1995年，哥斯拉系列电影都采用了《哥斯拉VS》的标题形式，直到《哥斯拉VS戴斯特洛伊亚》（ゴジラVSデストロイア）的系列都以共通世界观叙述，剧情联动也使得主要角色在这几代电影故事中连续出演，这些哥斯拉电影便被称为了“哥斯拉VS系列”。从《哥斯拉》开始的核辐射危机，再到《哥斯拉对黑多拉》的公害危机，哥斯拉电影秉承人类自我反省的主题，到了《VS碧奥兰蒂》主题变为基因工程的非法滥用，新兴科技的失控再一次酿就了人类危机。
《哥斯拉VS碧奥兰蒂》的海报。
本片的剧情在拍摄初期采用了公开征稿募集，经过筛选最后使用了小林晋一郎的剧本拍摄成了电影，在他过去为奥特曼撰写的剧集中也曾出现过动植物基因融合制造出的怪兽雷奥格（出自《归来的奥特曼》第34集）。相对于前作主要针对政府内部如何应对哥斯拉危机的展现，本片在人类世界的故事的重点被放在了自卫队活动的描写上，并且在人类里首次登场了在“VS系列”中扮演重要戏份的超能力者角色三枝未希。片中人类自卫队对哥斯拉危机进行了针对性的划分，设置了不同的警戒等级，将前作的超级兵器开发出了新一代Super X2，还研发出了“抗核能细菌”（抗核エネルギーバクテリア (ANEB)）用以吞噬哥斯拉本体的核能源等等，多种高科技武器被用来对付哥斯拉危机。剧中最大的亮点自卫队的载具战车都是由真实现役的自卫队人员亲自驾驶，包括吉普车、73式卡车、自行火炮、坦克等等。
Super X2。
电影故事从84年版哥斯拉的结局开始，遭受哥斯拉袭击的新宿残留下了哥斯拉的细胞（G细胞），人类将G细胞作为对哥斯拉研究的重要材料收集了起来。5年后，白神博士进行以吞噬核能源为目的的“抗核能细菌”的研究，并将移植了自己女儿细胞的玫瑰花与G细胞融合制造除了新的物种，这个物种不断进化后便形成了碧奥兰蒂。前作哥斯拉掉下火山后并未死亡，而是暂时性的进入了睡眠期，5年后因为恐怖主义份子在火山附近制造爆炸的影响再次苏醒重出地面。收到哥斯拉警报的自卫队立即派出了超级兵器Super X2迎战， 作为Super X的后继机体Super X2装备了“火镜”（ファイヤーミラー）系统，可以反射哥斯拉的热能射线来有效打击哥斯拉。此外自卫队还将“抗核能细菌”注射进了哥斯拉体内，吞噬哥斯拉本体能源进一步限制哥斯拉的破坏力。在最后哥斯拉和碧奥兰蒂的对决中，哥斯拉虽然战胜但也因为“抗核能细菌”的作用元气大伤倒在海边。本片自卫队的装备中还有Maser坦克，为Maser杀兽光线车发展而来，之后Maser系兵器在“哥斯拉VS系列”中也频频出场。虽然本片投入了相当的人力物力资源制作，最后拍摄出了质量上乘的电影，但票房却令人大失所望。受此影响，后续的作品中改为安排更多的旧怪兽出场，以挽回老粉丝们对哥斯拉电影的热情。
92式Maser光束战车。
电影中使用的经典配乐，除了哥斯拉主题曲系列“哥斯拉主题”与“哥斯拉的恐怖”外，伊福部昭的名曲“怪兽大战争进行曲”在时隔24年后也再次被引用进了电影。而电影片头曲是由椙山浩一和伊福部昭两人主导的配乐混编而成，两人各自风格的突显使得片头曲更具特色。影片还为Super X2单独创作了新的配乐主题曲，长达6分钟的配乐也是怪兽电影配乐中少有的长篇曲目，但受到影片限制未能在电影中播放出完整版。伴随着碧奥兰蒂幻化成一道光束消失在天空的结尾，音乐也渐渐响起，该曲的剪辑版也被用作为电影片尾曲。
1991年《哥斯拉VS王者基多拉》上映，片中引入了时间机器帮助人类穿越过去未来，也借此为观众揭开了哥斯拉诞生的奥秘。故事延续了上一作的世界，在92年未来人坐着巨大的UFO来到东京，并以23世纪地球联邦机构使者的名义警告现代人类，哥斯拉将会在21世纪再次复活，届时人类会遭遇灭顶之灾。未来人本着根除哥斯拉的目标来到现代，计划以时间机器回到哥斯拉诞生前的时代将哥斯拉从历史中清除。未来人从历史记录书籍中了解到：哥斯拉诞生于拉哥斯岛，原是岛上幸存的恐龙哥斯拉龙，由于受到1954年的氢弹实验影响才变异成了怪兽哥斯拉。鉴于这一记载，未来人提出将还未成型的哥斯拉龙从拉哥斯岛运离氢弹实验区域，以彻底消除怪兽哥斯拉诞生的计划。接受了未来人的计划后，现代人的代表和未来人一起回到了1944年太平洋战争时期的拉哥斯岛，并成功找到了原型恐龙哥斯拉龙。回到过去的人们目睹了哥斯拉龙从美军的攻击下救下残余的日军部队，并在之后利用未来人的物质传送装置把哥斯拉龙传送到了遥远的白令海峡，成功的阻止了哥斯拉的诞生。然而令人意想不到的是，回到现代的日本却遭遇了另一只怪兽王者基多拉。
《哥斯拉VS王者基多拉》的海报
本片出场的基多拉一改以往宇宙怪兽的设定，变为未来人制造出的合成变异怪兽，称为“超龙怪兽”（超ドラゴン怪獣）。原来这一切都是未来人的阴谋，在23世纪的日本不断壮大，超越美、苏、中三大国成为世界超级大国，以压倒性的实力凌驾世界，为阻止日本过于强大而回到现代的未来人，真正计划是消灭哥斯拉并制造出王者基多拉来毁灭日本。失去了哥斯拉日本也丧失了对抗王者基多拉的王牌，此时身为日本超大企业帝洋集团总裁的新堂，回想起了自己在太平洋战争中被哥斯拉龙救下的记忆，决心让哥斯拉再次复活。新堂下令让公司私有的秘密核潜艇开往白令海峡，并带上有心灵感应能力的三枝未希，寻找当年被传送过去的哥斯拉龙。当年被传送到白令海峡的哥斯拉龙虽然没有收到氢弹实验的辐射，但由于核潜艇的核能辐射的影响，再次进化成了怪兽哥斯拉。仿佛无论人类怎样去改变历史，历史本身也会受各种因素影响把原本要发生的事件重演，于是哥斯拉再次降临世界。这只新诞生的哥斯拉便成为了新任的第四代哥斯拉，体型也超过了过去的任何一代哥斯拉成为新的怪兽王。讽刺的是即使离开了拉哥斯岛，人类造就的核污染也影响着世界的每一个角落，无法避免的再次诞生出更强大的哥斯拉。从白令海峡一路返回日本的哥斯拉，由北海道上岸不断挺进，最终遭遇王者基多拉，而在新哥斯拉的面前王者基多拉不堪一击。打败了王者基多拉后愤怒的哥斯拉也没有停止，在日本继续破坏肆虐，此时新堂与当年救下自己一命的怪兽再次重逢，在与新堂对视后哥斯拉用热能射线消灭了新堂和他的帝洋集团大厦。最后为了消灭哥斯拉，未来人艾米驾驶着改造后的机械王者基多拉回到现代，与哥斯拉殊死一战后将其击退。
《哥斯拉VS王者基多拉》的剧照。
该片可以说呈现出了当时泡沫经济下膨胀日本梦的缩影，剧中23世纪日本成为超级大国的假设也正源于此。当时的日本诞生了许多经济神话，比如索尼收购了美国哥伦比亚电影公司，三菱地产收购洛克菲勒中心等等，使得日本人相信繁荣的日本必将一跃成为世界顶尖强国。但随后而来的股市崩溃令日本经济一落千丈，就在《VS王者基多拉》上映的91年底，日本泡沫经济已经开始出现瓦解，神话也不复存在。在本片的演员阵容上，除了多次参与哥斯拉系列拍摄的初代奥特曼人间体演员黑部进外，还首次加入了参演奥特曼系列和假面骑士系列的名角演员小林昭二，为影片更添看点。
《哥斯拉VS魔斯拉》的海报。
1992年《哥斯拉VS魔斯拉》（ゴジラVSモスラ）上映，本片是自《南海大决斗》以来26年后魔斯拉的再度登场，并集合了小美人（cosmosコスモス）、英凡岛等魔斯拉经典元素。本片出现的英凡岛与过去的岛屿不同，以新生代英凡岛为名，岛上的妖精也与过去的小美人不同，不再是精灵双胞胎而是称为cosmos种族的二人组。本片出场的即第四代魔斯拉，对应的前辈分别是《魔斯拉》、《魔斯拉对哥斯拉》的初代，《地球最大的决战》、《南海大决斗》的二代、以及《怪兽总进击》的三代。本作的魔斯拉在日本国会议事堂变蛹成虫，成虫后的四代也是第一只拥有了光束射击能力的魔斯拉，此外剧中还有另一只配角新怪兽巴托拉（バトラ）。电影的本篇采用了结合《魔斯拉》和《魔斯拉对哥斯拉》剧情框架，可以说是过去系列的重制版。故事的舞台也出现在了名古屋，巴托拉更是和原作中哥斯拉一样，摧毁了名古屋的电视塔及名古屋城，就连分镜也一定程度致敬了之前的原作。剧中哥斯拉再次败在了魔斯拉手上，仿佛《魔斯拉对哥斯拉》的剧情再现，是罕见的哥斯拉败绩记录。片中大量出现了Maser系反怪兽武器，除了前作出现的Maser坦克强化版之外，本作新登场了Maser直升机，Maser系兵器的配乐也是经典的“L作战进行曲”。演员阵容方面，本作新加入了《泰罗奥特曼》的主演筱田三郎，使得又一位奥特家族成员在哥斯拉系列的荧幕活跃。此外，宝田明也是继《纬度0大作战》23年后，再次出演怪兽特摄电影。
封面： 《哥斯拉VS王者基多拉》
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